Es curioso que a pesar de que el orden Quiroptera es el segundo por su abundancia entre los mamíferos —después del Rodentiae— esto no se refleje mucho en el registro fósil. Tan es así que los estudios paleontológicos que se refieren a restos de murciélagos hallados en México son escasos. La revisión de la bibliografía en que se hace referencia a murciélagos fósiles y subfósiles demuestra que los estudios sólo se han efectuado en elementos craneales, sin mencionar los postcraneales; además, es notable el escaso número de trabajos que hacen referencia a restos hallados en la zona tropical americana.
A pesar de lo anterior, se tienen investigaciones como la de Martín (1972), que elaboró un catálogo de los murciélagos del Plioceno y el Pleistoceno. En México se han realizado algunos estudios arqueozoológicos de murciélagos hallados en las excavaciones arqueológicas en la zona tropical, Koopman y Martín (1959), Dalquest y Roth (1970) y los de Álvarez (1972, 1976, 1982), en que se describe principalmente la anatomía ósea de este grupo de vertebrados. Es importante mencionar los trabajos efectuados en las Antillas por Koopman y Williams (1951) y el amplio estudio de Silva Taboada (1974) sobre restos óseos hallados en depósitos de una cueva en la región central de Cuba, en el que hace mención de la importancia y necesidad de realizar estudios de huesos postcraneales de los murciélagos.
En 1977 y 1980 el arqueólogo Norberto González Crespo tuvo a su cargo la exploración de las grutas de Loltún, en Yucatán, donde pudo estudiar restos de fauna pleistocénica, incluyendo restos óseos craneales y huesos postcraneales de murciélagos y artefactos de piedra tallada.
A principios de la década de los años noventa, en la temporada de excavación 1994, el proyecto Estudio de Túneles y Cuevas en Teotihuacán a cargo de la doctora Linda Manzanilla Naim, del Instituto de Investigaciones Antropológicas de la UNAM, reportó la presencia de un cráneo y un dentario de la especie Myotis velifer, murciélago insectívoro, dentro de la Cueva de las Varillas, asociados a un entierro, quizá como ofrenda dedicada a la persona enterrada.
Por último, cabe mencionar que se conocen restos de fósiles de murciélagos vampiros de cinco sitios paleontológicos en México: Desmodus draculae, del Pleistoceno tardío en la gruta de Loltún; D. stocky, que procede del Pleistoceno tardío, de las cuevas de la Boca, San Josecito y La Presita, estado de Nuevo León, y del Holoceno temprano, de Tlapacoya, Estado de México. Hay dos especies de vampiro, Desmodus rotundus, Diphylla ecaudata, conocidas desde el Pleistoceno-Holoceno en Loltún.
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